Нью-Йорк погружается во тьму, когда в городе появляется Шреддер вместе с его безжалостным Кланом Футов, который берёт под контроль всё: от рядовых полицейских до высших политиков. Город нуждается в защитниках, и они появляются из самой канализации — четвёрка братьев-черепашек, которые с детства тренировались под руководством своего наставника Сплаша, чтобы стать мастерами ниндзя.
